딴생각러

개떡이라도 일단 AI한테 던져보기

3 분 소요

이번 주 Bioinformatics 커뮤니티 주요 소식을 모았습니다. (논문 5편, 툴 2개, 이벤트 1건, 뉴스 3건)

이번 주 논문

PubMed 기반 수집 — Bioinformatics(2편), Genome Biology(2편), bioRxiv(1편), 2026-07-11~07-18 게재

Making Multi-Axis Gaussian Graphical Models Scalable to Millions of Cells

  • 저널/서버: Bioinformatics
  • 저자: Andrew et al. (University of Leeds)
  • 요약: scRNA-seq 데이터에서 유전자 네트워크와 세포 네트워크를 동시에 학습하는 Multi-Axis Gaussian Graphical Model(GmGM)을 수백만 개 세포 규모로 확장했습니다. 기존 hdWGCNA 대비 더 집중된 생물학적 해석을 제공하며, 신경 발달 관련 lncRNA를 새롭게 발굴했습니다. Python 패키지(PyPI)로 공개되었습니다.
  • 링크: 10.1093/bioinformatics/btag523

BatchSVG: identifying batch-biased genes in the application of spatially variable gene detection

  • 저널/서버: Bioinformatics
  • 저자: Shah et al. (Johns Hopkins University)
  • 요약: 대규모 공간 전사체(SRT) 아틀라스 분석 시 슬라이드·배치 편향을 보이는 Spatially Variable Gene(SVG)을 이항 모델 기반 deviance 순위 비교로 자동 식별·제거하는 Bioconductor 패키지입니다. 공간 도메인 검출 등 다운스트림 분석 정확도를 실질적으로 개선합니다.
  • 링크: 10.1093/bioinformatics/btag522

Benchmarking protein sequence and structure search methods for remote homology detection

  • 저널/서버: Genome Biology
  • 저자: Liu et al. (Shanghai Jiao Tong University)
  • 요약: 서열 정렬·구조 정렬·표현 학습 기반 14가지 단백질 유사도 검색 도구를 다양한 생물학적 시나리오에서 체계적으로 비교했습니다. 구조 정렬법은 fold 유사성 검출에, 표현 학습 기반 방법은 저서열 유사성 조건의 기능 유사성 포착에 강점을 보였습니다.
  • 링크: 10.1186/s13059-026-04201-z

Uncovering the isoform-resolution kinetic landscape of nonsense-mediated mRNA decay with EZbakR

  • 저널/서버: Genome Biology
  • 저자: Mabin et al. (NIH / Yale University)
  • 요약: EZbakR-suite를 이소폼 수준으로 확장해 NR-seq 데이터에서 NMD(무의미 코돈 매개 mRNA 분해)의 전사체별 분해 속도 상수를 정량화했습니다. 동일 유전자 내 전사체 간 NMD 효율의 예상치 못한 이질성과 PTC 없는 mRNA의 신속 분해 메커니즘을 새롭게 규명했습니다.
  • 링크: 10.1186/s13059-026-04204-w

Interpretable and scalable spatial gene set activity analysis (GESSO)

  • 저널/서버: bioRxiv (preprint)
  • 저자: Yosef Lab (UC Berkeley / Weill Cornell)
  • 요약: 공간 전사체 데이터에서 유전자 세트(경로, 모듈) 활성도를 공간 위치 정보를 반영해 해석 가능하고 확장 가능하게 정량화하는 GESSO 방법론입니다. AUCell, ssGSEA, GSVA, GSDensity 등 기존 방법 대비 13개 데이터셋에서 일관된 우수한 성능을 달성했습니다.
  • 링크: 10.64898/2026.07.02.736099

새로운 툴 & 소프트웨어

Nextflow 26.04.5

  • 설명: 데이터 기반 계산 파이프라인을 구축하기 위한 DSL 워크플로우 엔진으로, 생물정보학 분석 자동화의 사실상 표준 플랫폼입니다. 서버·클러스터·클라우드 환경에 코드 수정 없이 확장 배포가 가능합니다.
  • 링크: GitHub
  • 주요 기능: v26.04.5 (2026-07-09) — 워크플로우 레벨 실행 요약에 GPU 메트릭 추가, Seqera Intelligent Compute 스케줄러 실행 식별자 Platform 전파, flatMap tuple 오류 수정
  • 인기도: ⭐ 3,442 (GitHub)

Boltz v2.2.0

  • 설명: 단백질·핵산·리간드·공유 결합 변형체 등 생체분자 복합체의 3D 구조와 결합 친화도(binding affinity)를 동시에 예측하는 오픈소스 딥러닝 모델입니다. AlphaFold3의 기능을 확장해 FEP 수준의 정확도를 약 1,000배 빠른 속도로 달성하며, in silico 신약 스크리닝에 실용적으로 활용됩니다.
  • 링크: GitHub
  • 주요 기능: v2.2.0 — contact conditioning·pocket conditioning 버그 수정, 커뮤니티 기여 30건 이상 반영, MSA 서버 보안 강화 및 비-Linux 플랫폼 지원 추가
  • 인기도: ⭐ 4,100 (GitHub)

컨퍼런스 & 이벤트

학회 개최일 마감 링크
ECCB 2026 (제25회 유럽 계산생물학 학회) 2026-08-31 ~ 2026-09-04 (Geneva, Switzerland) 사전 등록 마감: 2026-08-14 공식 사이트

업계 뉴스

ISMB 2026 & BOSC 2026 성황리 개최 — Seqera AI 에이전트 등 신기술 집중 발표

  • 출처: ISCB / Open Bioinformatics Foundation
  • 요약: 제34회 ISMB 2026(7월 12–16일, Washington D.C.)과 제27회 BOSC(7월 14–15일)가 성황리에 마무리됐습니다. Tech Track에서는 Seqera가 파이프라인 시작·디버깅·AI 에이전트 통합을 지원하는 ‘Seqera Co-Scientist’를 소개했고, BOSC에서는 오픈소스 생물정보학 도구들의 최신 개발 현황이 집중 발표됐습니다.
  • 링크: ISMB 2026 · BOSC 2026

FY2026 예산안, NHGRI를 NIGMS에 통합 제안 — 유전체 연구 펀딩 구조 재편 예고

  • 출처: NIH / genome.gov
  • 요약: 미국 FY2026 연방 예산안이 국립인간유전체연구소(NHGRI)를 국립의학연구소(NIGMS)에 통합할 것을 제안했습니다. 유전체·생물정보학 연구의 주요 펀딩 창구 구조가 재편될 경우, 연구비 신청 경로와 프로그램 우선순위에 영향을 줄 수 있어 커뮤니티의 주목을 받고 있습니다.
  • 링크: NHGRI 정보

Illumina, 듀플렉스 시퀀싱 키트 2026년 하반기 얼리 액세스 예고

  • 출처: Albert Vilella Substack (AGBT 2026 커버리지)
  • 요약: Illumina가 듀플렉스(Duplex) 시퀀싱 키트를 2026년 하반기 얼리 액세스로 제공할 계획을 발표했습니다. NovaSeq X용 50억 리드 플로우셀 및 1.5억 리드 600-사이클 키트 등 신규 소모품 라인업도 공개됐으며, 변이 탐지 및 cfDNA 분석 파이프라인에 직접 영향을 줄 전망입니다.
  • 링크: 원문

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